তাত্ত্বিক কাঠামোতেও ভারতীয় রাগসংগীতের মাধুর্যকে অক্ষুণ্ণ রেখেছিলেন বিষ্ণুনারায়ণ ভাতখণ্ডে

ভাতখণ্ডেজির প্রবর্তিত স্বরলিপিতে উত্তর ভারতীয় স্বর-সপ্তক বাইশ শ্রুতির আধারে সাজিয়ে তোলা, যার মধ্যে বারোটি ‘শ্রুতি স্বর’ রাগ সৃষ্টির সময় ব্যবহৃত হয়। এক স্বরের সঙ্গে পূর্ববর্তী বা পরবর্তী স্বরের দূরত্ব প্রায় অর্ধস্বর বা সেমিটোন। রাগের ক্ষেত্রে আবার কানাড়া, মল্লার, সারঙ্গ, বিলাবল, কল্যাণ, শ্রী ইত্যাদি নানা রাগাঙ্গ প্রচলিত। তাঁর ব্যাখ্যায় সংগীতের অন্তর্লীন মাধুর্য এবং নান্দনিকতার সঙ্গে সঙ্গে তার কাঠামোগত বিশেষ বৈশিষ্ট্যও অনুধাবন করা সহজসাধ্য হয়েছিল।